2012年7月起，常州公交正式实施了机构改革，建立起了与现代企业治理结构相匹配的管理结构。在机构设置上更加精简，数量减少了20%；强化了主营业务的综合功能；突出了科技、人才、监督的功能，形成了执行专业化、监督独立化的部门构架。目前，公司共设有行政部、营运发展部、安全保卫部、机务技术部、科技信息部、人力资源部、财务部、监察审计部、组织部、宣传部10个部门，其中，相关部门还设有二级机构共9个：行政部下设总值班室、档案室；营运发展部下设调度指挥中心、服务中心；科技信息部下设信息中心；人力资源部下设教育中心、驾训队；财务部下设票务科；监察审计部下设监察大队。此外，集团公司还另设有8个基层单位。